La LEHE dispose que le Conseil des hautes écoles constitue un comité permanent pour la médecine universitaire. Ce comité peut, de sa propre initiative ou sur mandat, se prononcer à l'intention du Conseil des hautes écoles sur les questions de médecine universitaire et formuler des propositions à ce sujet. En mai 2015, le Conseil des hautes écoles a approuvé le catalogue des tâches à confier au comité pour la médecine universitaire; puis en novembre, il a institué le comité et procédé à l'élection de ses membres.
Parmi les tâches actuelles du comité figure l’accompagnement des projets de la Conférence des hautes écoles dans le domaine de la médecine, tels que par exemple le mandat relatif à l’appellation des hôpitaux universitaires ou le projet de relevé des coûts pour la formation et la recherche en médecine humaine (EKOH). Le comité prend en outre régulièrement position sur des documents de principe et des thèmes actuels de la politique des hautes écoles dans le domaine des professions de la santé.
Le comité pour la médecine universitaire se compose de trois représentants des cantons membres du Conseil des hautes écoles avec une faculté de médecine et deux représentants des cantons membres du Conseil sans offre de formation en médecine, de trois représentants de swissuniversities, d'un membre de la Conférence suisse des directrices et directeurs cantonaux de la santé (CDS), d'un représentant de l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) et du président de l'Académie suisse des sciences médicales (ASSM). Le comité pour la médecine universitaire est présidé par Mme la Conseillère d'Etat Silvia Steiner.
Conformément à l'art. 25 du ROrg-CSHE, la direction de la Conférence des hautes écoles peut apporter un soutien administratif aux comités institués par le Conseil des hautes écoles pour l'accomplissement de leurs tâches. Mme Sonja Henrich, conseillère scientifique dans le domaine de la politique des hautes écoles du SEFRI, assume cette fonction.