Entre 2001 et 2014, la Conférence universitaire suisse (CUS) a été l'organe commun de la Confédération et des cantons pour la collaboration dans le domaine de la politique des hautes écoles universitaires. Ses bases légales se fondaient d'une part sur la loi sur l'aide aux universités du 8 octobre 1999 et sur le Concordat intercantonal de coordination universitaire du 9 décembre 1999 d'autre part. Elle a été instituée le 1er janvier 2001 par la Convention entre la Confédération et les cantons universitaires sur la coopération dans le domaine des hautes écoles universitaires et a succédé à l'ancienne Conférence universitaire suisse (règlement d’organisation).
Durant son existence, la CUS a disposé de compétences décisionnelles contraignantes dans des domaines définis et était chargée des tâches suivantes:
- édicter des directives sur la durée normale des études et la reconnaissance des acquis et des qualifications qui liaient toutes les parties à la convention;
- octroyer des contributions liées à des projets;
- évaluer périodiquement l'attribution des pôles de recherche nationaux dans l'optique de la répartition des tâches entre les universités sur le plan national;
- reconnaître des institutions ou des filières d'études;
- édicter des directives sur l'évaluation de l'enseignement et de la recherche;
- édicter des directives relatives à la valorisation des connaissances acquises par la recherche.
De plus, la CUS a émis des recommandations relatives à la collaboration, à la planification pluriannuelle et à une répartition des tâches équilibrée dans le domaine des hautes écoles universitaires; en outre, elle a informé sur les dossiers qu'elle traitait et a consulté les milieux intéressés.
La CUS était composée des directeurs de l'instruction publique des cantons universitaires, de deux directeurs de l'instruction publique de cantons non universitaires, du Secrétaire d'Etat à l'éducation et à la recherche (SER; dès le 1er janvier 2013, SEFRI) et du président du Conseil des EPF. Le président de la Conférence des recteurs des universités suisses (CRUS), la responsable du ressort «hautes écoles universitaires» au SER/SEFRI et la directrice (jusqu’au 30 juin 2012) puis le vice-directeur (jusqu’au 31 décembre 2012) de l’Office fédéral de la formation professionnelle et de la technologie (OFFT) participaient aux séances avec voix consultative. Les affaires de la CUS étaient gérées par un Secrétariat général qui accompagnait également les commissions de la CUS: la Conférence des chefs de service des affaires universitaires, le Bureau des constructions universitaires ainsi que les comités de pilotage Egalité des chances, Consortium des bibliothèques universitaires et Comptabilité analytique.
La CUS a travaillé en étroite collaboration avec la CRUS qui était chargée durant la même période du traitement des affaires de nature académique.
La CUS a disparu avec l’entrée en vigueur le 1er janvier 2015 de la loi sur l’encouragement et la coordination des hautes écoles (LEHE) pour céder la place à la Conférence suisse des hautes écoles.