La Conférence plénière traite des affaires qui concernent les droits et les obligations de la Confédération et de tous les cantons concordataires. Il s’agit par exemple de définir des coûts de référence ou d’émettre des recommandations relatives aux bourses et aux prêts d’études. La Conférence plénière est composée de tous les cantons signataires du concordat sur les hautes écoles. En règle générale, elle siège deux fois par an.