In beiden Versammlungsformen der SHK (Plenarversammlung und Hochschulrat) hat der Vorsteher des Eidgenössischen Departements für Wirtschaft, Bildung und Forschung (WBF), Bundesrat Guy Parmelin, die Rolle des Präsidenten inne. Das Vizepräsidium der SHK wird durch Staatsrätin Sylvie Bonvin-Sansonnens, Vorsteherin der Direktion für Bildung und kulturelle Angelegenheitendes Kantons Freiburg und durch Regierungsrat Stefan Kölliker, Vorsteher des Bildungsdepartements des Kantons St. Gallen, wahrgenommen.
Bundesrat
Guy Parmelin
Staatsrätin
Sylvie Bonvin-Sansonnens
Regierungsrat
Stefan Kölliker