Sia in forma di Assemblea plenaria sia in forma di Consiglio delle scuole universitarie, il ruolo di presidente della CSSU è ricoperto dal Consigliere federale Guy Parmelin, capo del Dipartimento federale dell’economia, della formazione e della ricerca (DEFR). La vicepresidenza della CSSU è affidata alla Consigliera di Stato Sylvie Bonvin-Sansonnens, capo della Direzione per l'educazione e gli affari culturali del cantone Friburgo e al Consigliere di Stato Stefan Kölliker, capo del Dipartimento dell’educazione del cantone di San Gallo.
Consigliere federale
Guy Parmelin
Consigliera di Stato
Sylvie Bonvin-Sansonnens
Consigliere di Stato
Stefan Kölliker