La segreteria della CSSU dirige una conferenza specializzata composta dai capiufficio dei Cantoni, da un rappresentante della Segreteria generale della Conferenza svizzera dei direttori cantonali della pubblica educazione (CDPE) e da due rappresentanti della SEFRI. La segretaria generale di swissuniversities e il capo di stato maggiore del Consiglio dei PF partecipano in qualità di ospiti. La Conferenza specializzata prepara gli affari per la Presidenza della CSSU.