La Conférence des hautes écoles (aussi bien en Conférence plénière qu’en Conseil des hautes écoles) est présidée par le Conseiller fédéral Guy Parmelin, chef du département fédéral de l’économie, de la formation et de la recherche DEFR. La Conseillère d'Etat Sylvie Bonvin-Sansonnens, directrice de la formation et des affaires culturelles du canton de Fribourg et le Conseiller d’Etat Stefan Kölliker, chef du département de l’éducation du canton de Saint-Gall occupent la vice-présidence de la CSHE.
Conseiller fédéral
Guy Parmelin
Conseillère d'Etat
Sylvie Bonvin-Sansonnens
Conseiller d’Etat
Stefan Kölliker